O atendimento da nutrição clinica funcional possui cinco princípios básicos:

1) Individualidade bioquímica: Grande parte da expressão de nossos genes depende do meio ambiente, por isso, a nutrição funcional busca a interação de cada genética, alimentação e dos elementos ambientais (toxinas, poluentes, estresse mental, atividade física) para "modular" nossos genes, inibindo aqueles associados à doenças, para elevar os associados à saúde.
2) Tratamento centrado no paciente: O método é direcionado ao paciente e não a doença, ao oposto da medicina tradicional. Torna-se mais importante saber que paciente tem a doença do que saber qual doença o paciente tem. O indivíduo é abordado como um todo, um conjunto de sistemas que se inter-relacionam e que sofrem influências de fatores ambientais, emocionais, alimentares, patológicas, uso de medicamentos, hábitos de vida e atividade física.
3) Equilíbrio nutricional e biodisponibilidade de nutrientes: Se torna importante a oferta de nutrientes em quantidades adequadas e em equilíbrio com todos os outros, para que haja otimização da sua absorção e aproveitamento pelas células.
4) Inter-relações com fatores fisiológicos: Todas as funções do nosso corpo estão interligadas. A teia da nutrição funcional considera a inter-relação mútua de todos os processos bioquímicos internos, de forma que uma influência no outro, gerando desordens que abrangem os diversos sistemas, corrigindo a causa em vez de apenas os sintomas genéricos.
5) Saúde como vitalidade positiva: Saúde não é meramente a ausência de doenças, e sim o resultado de diversas relações entre os sistemas orgânicos, por isso analisa-se os sinais e sintomas físicos, mentais e emocionais que podem estar nas bases dos problemas apresentados.